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分子生物学软件简要功能介绍

来源：未知作者：seagull8111 点击:次时间：2013-03-15

一些生物在线分析工具及分子生物学软件简要功能介绍

综合工具

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.bionavigator.com
功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。收费站点，但提供两周的全功能免费试用期
http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html，另一个综合性的提供序列分析功能的网站
http://www.hgsc.bcm.tmc.edu,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析

http://cbrg.inf.ethz.ch,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析

BDGP-promoter
Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点

NetGene服务的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk

重复序列分析

CENSOR的Email服务地址是：censor@sharon.lpi.org
XBLAST：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc
Repbase：ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质

ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/
PROSEARCH：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质：等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等

ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析
FASTA：ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
SAPS：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
跨膜区预测：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测

nnPredict：http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein：http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
PredictProtein的国内镜像：http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/
SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/
二级结构预测：www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测

COILS：http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html

跨膜区段和在膜上的取向预测

TMpred：http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

信号肽的剪切位点

SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白质的三维结构

SWISS-MODEL：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
CPHmodels：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/

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