分子生物学软件简要功能介绍(3)

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14.检索与阅读
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件
PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件
NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件
EndNote：专业参考文献查询软件
Reference Manager：专业参考文献查询软件
Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统

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15.基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件

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16.其他功能软件
digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式
Graph Paper：坐标纸打印软件
DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件
Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遗传学软件
正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件
FBAT：家族遗传相联检验的统计程序
GGT32：图形化基因型表示软件
CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件
Jarnac：代谢过程模拟软件包
Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件
BCT：微生物趋向性模拟程序
StochSim：随机生物化学反应模拟软件
Bio_MW：生物化学分子量计算软件
MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件
Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件
MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件
Canvas：绘图软件
免疫室管理系统：中文免疫室综合软件
Cyrillic：家谱绘图软件
Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序
MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件
DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件
boxit：管理生物样品的数据库系统
GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件
健康药霸：药典类的软件
AceDB：基因组数据库软件
MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件
PED：系谱(Pedigree)绘制软件
PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件
quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件
BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件
MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件
MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件
ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式
Viewer：磁共振图谱文件的免费软件
WinMper：分析流式细胞仪数据文件的免费软件
TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件
Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件
gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件
生物五笔：生物医学专业输入法

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17.化学绘图
ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版
ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版
Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中
clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片
ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件
AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称)
ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件
MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序
ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序
ChemPen：绘制化学结构式软件
ChemPen+：绘制化学结构式软件
ChemPen：绘制化学结构式软件

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18.化学应用
mmcalc.exe：分子量计算器
hxfc.zip：化学方程式配平软件
cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器
alkne.exe：有机化学命名练习程序
chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表
ptab32.zip：高级元素周期表
CAF：计算机辅助配方软件
CFT：化学式教师
元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件
化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等
CRS：化学反应方程式配平器
Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版
periodic.exe：免费的元素周期表
化学品电子手册：一个综合性的化学品手册

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19.在线综合工具
Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具
sewer：网上常用在线工具集合，本地版

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20.在线蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点
DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域
TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具
SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具
PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测
HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器
SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等
TMpred：预测蛋白序列跨膜区
TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋
The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务
SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器
PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务
CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区
TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务

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21.RNA analysis
Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具
DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具
Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具
Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具
解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
可以下载后使用，当小计算器
BCMgene-finder：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找

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22.在线引物设计
The Primer Generator：在线引物设计程序
Prime3：比较有名的在线引物设计程序

-----------------------------------------------------------内容来自生物数据实验室