分子生物学软件简要功能介绍(2)

分子生物学软件简要功能介绍

     在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。下列的软件，大部 分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。网上也有此类各种软件的总结。下面为此类软件的简单介绍：

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1.三维分子类	2.DNA分析	3.RNA分析	4.蛋白质分析
5.生化教学	6.生化工程	7.序列格式转换	8.引物分析
9.序列综合分析	10.进化树分析	11.质粒绘图	12.图像处理
13.数据处理	14.检索与阅读	15.基因芯片	16.其他功能软件
17.化学绘图	18.化学应用	19.在线综合工具	20.在线蛋白工具
21.RNA analysis	22.在线引物设计

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1.三维分子类
RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构
RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件
CHIME：直接在浏览器中观看3D分子
MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件
raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本
CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构
PDViewer：PDB格式文件的查看程序
Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子
Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具
ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能
VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示
CN3D：3D分子结构观察软件
WPDB：PDB文件检索显示分析软件
DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序
Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具
gopenmol：显示并分析分子结构及其特性
POV-Rayv：生成三维图像工具软件
MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件
Mol2Mol：分子文件格式转换软件
PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件
Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图
PLATON：通用结晶学软件工具
Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件
Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件
DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具
PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件
StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件
JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器
ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件
Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包
Moilin：分子构建与观察软件
Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模
Biodesigner：免费的分子建模与显示软件
MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件
MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序
ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件
Amira：高等三维显示建模系统
AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具
Visualize：分子建模和研究软件包
ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具
Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件

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2.DNA分析
DNAClub：DNA处理软件
JaMBW：分子生物学软件包
DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件
RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具
ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件
Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件
Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具
DNAssist：DNA序列分析工具
DNAProbe：核苷酸序列设计工具
DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件
DFW：DNA分析软件
Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具 ’
ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器
GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件
Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件
MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件
基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件
ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件
MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具
GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件
GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件
LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件
Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件
Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件

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3.RNA分析
RNAdraw：RNA二级结构分析软件
RNAstructure：预测RNA 级结构图
RnaViz：RNA二级结构图绘制程序

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4.蛋白质分析
ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包
pSAAM：蛋白序列分析软件包
VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件
aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包

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5.生化教学
mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来
linpath.zip：线性酶反应模拟软件
protlab：蛋白质纯化仿真软件
MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序
Biochem：生化教学文件
photo：光合作用教学程序
Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示
Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序

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6.生化工程
brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件
BioStat：BioStatB发酵罐控制程序
PenSimv：青霉素发酵模拟软件
BioProSim：发酵实时模拟软件

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7.序列格式转换
vised：序列输入分析和格式转换软件
ForCon：多序列文件格式转换软件
SeqVerter：序列格式转换软件
GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件
RevComp：序列格式转换软件

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8.引物分析
primer Premier 5.0：引物设计工具
Oligo：引物分析著名软件
Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件
Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件
NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序

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9.序列综合分析
pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件
Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件
Clustal X：ClustalWWindows界面程序
FASTA：数据库中查找同源序列软件
GeneDoc：对序列进行相关分析等操作
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件
SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数
BioEdit：序列编辑器与分析工具软件
DAMBE：综合性序列工具软件
LaserGene：综合性序列工具软件
SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器
DNASIS：序列综合分析工具
Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：载体查看软件
Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台
DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件

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10.进化树分析
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树
TreeView：进化树处理软件
GeneTree：比较基因与种系进化树的程序
NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序
Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件
Phyltools：计算与处理进化树数据的软件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具
ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件
TREECON：构建和绘制进化树的软件包
ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件

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11.质粒绘图
Plasmid Processor：绘制质粒图软件
Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者
WinPlas：质粒绘图软件商业版
DMUP：环状质粒绘图软件测试版
Plasmid Toolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版
SimVector：质粒图绘制软件

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12.图像处理
Image Tool：科学用途的处理图像软件
Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件
Cross Checker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件
Band Leader：凝胶图像处理软件
Scion lmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件
Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器
Smart Draw：流程图绘制软件演示版
GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件
bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版
SigmaGel：凝胶图像分析软件
TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件
GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件
Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件
QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件
PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件

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13.数据处理
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件
Cliekh Graph：实验数据作图软件
Statistica：专业统计软件
GraphPad PRISM：著名的数据处理软件
NoSA：中文非典型数据统计分析系统
CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件
SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版
SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版
SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版
PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件
TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件
TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件
SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版
Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件
DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件
数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件